La Fondation emploie environ 2500 salariés appartenant aux filières médicale, soignante, administrative, logistique, éducative et sociale. Les dispositions de la Convention collective nationale des établissements privés d’hospitalisation, de soins de cure et de garde à but non lucratif du 31 octobre 1951 sont applicables dans le cadre des relations de travail.
Les recrutements sont effectués directement par les établissements, exception faite des Directeurs, Adjoints de direction et médecins chefs de service dont la procédure est initiée et menée par la Direction générale.
La FSEF fait également appel aux personnels détachés de la fonction publique hospitalière appartenant à la filière administrative ou médicale soumis, pour ce faire, à un arrêté de détachement.
Dans le cadre de sa spécificité Soins-Etudes, des enseignants de diverses disciplines -environ 300 personnes- sont affectés dans ses établissements par le Ministère de l'Education Nationale, mais demeurent gérés par leur administration d'origine.