En tant que fondation, la Fondation santé des étudiants de France est gérée par un conseil d'administration.
Participent à ce conseil d'administration :
• Les représentants des pouvoirs publics : ministères de la santé, de l'Education nationale et de l'intérieur
• Des représentants des organisations majoritaires étudiantes et lycéennes
• Les représentants des mutuelles étudiantes
• Des représentants élus des salariés
• Des personnalités extérieures.